全日病総合医育成プログラムの中核をなすのが、スクーリング（集合研修）です。
これは、体験型ワークショップとして行われ、単なる座学では得られない、現場での実践力を身につけることを目的としています。
なお、スクーリングについては、登録した受講者以外に、定員の範囲内で単発での参加も受け付けます。

①診療実践コース（全22回）

プライマリ・ケア・セッティングにおいて日常よく遭遇する疾患・病態に対して、適切な初期対応とマネジメントができる能力を修得するためのコースです。
高度な専門知識や高度な技術の修得が目標ではありません。具体的なイメージとしては、
　「当直時に適切に対応して、翌日専門医につなぐ」
　「日常よく遭遇する疾患の典型例をガイドラインに即して治療する」
診療ができるようになることを目標としています。

②ノンテクニカルスキルコース（全10回）

地域で活躍する総合医には、医学的知識・技術(テクニカルスキル)だけでなく、組織人としての技術（ノンテクニカルスキル）が求められます。本コースでは、地域包括ケアシステムのリーダーを養成するという考え方に基づき「リーダーシップ」「チームビルディング」「コンフリクトマネジメント」「問題解決」「人材育成」などのスキルについて研修を行います。

③医療運営コース（全2回）

地域で活躍する総合医に求められる、医療システム全体を俯瞰する能力を修得することを目標として、日本の医療・介護制度の理解、医療をめぐる現状や将来像、地域社会における自施設の位置づけに関する理解などについて学ぶコースです。